为适应财政预算改革形势的需要，加强对预算资金的监督与管理，会计集中核算制得以广泛施行。审计工作要根据会计核算方式的变化作出相应的调整与改进，充分利用各种审计方法，提高审计质量。
一、会计集中核算条件下存在的问题
会计集中核算，即成立会计核算中心，取消行政事业单位、团体组织的银行账户、会计和出纳，各单位设财务报账员，通过中心对财政性资金集中进行会计核算和实行会计监督的核算方式。随着制度的实施，在一定程度上规范了单位的管理，但是新的问题也逐步显现出来，在许多业务环节还需完善，审计时应充分考虑这些问题对审计工作的影响，合理制定审计目标，正确把握审计方向和确定审计重点。
（一）制度尚欠完善。目前，实行会计集中核算，国家尚未建立或完善相关法律法规，也未制定统一的操作规程，会计集中核算没有统一明确的规定。目前，地方会计核算中心的操作规程基本是结合相关法律法规和本单位的实际情况制定的，不可避免的存在不完善之处。部分制订的规章制度重会计核算中心的管理，轻统管单位的监督；重会计核算，轻实物管理；重会计中心人员的责任，轻统管单位人员的管理。
（二）财权和事权分离带来的弊端。会计集中核算制下，会计核算中心只负责单位财务管理方面的工作，主要包括票据审核、银行账户的设置和管理、会计核算及监督等，具体的资金所有权、使用权、审批权仍由单位负责，会计核算中心不参与统管单位的具体业务工作。在这种形式下，中心会计人员与单位具体的财务收支等经济业务活动脱节，中心会计只能凭借报账凭证来判断这些收入支出的真实性和完整性，对于原始凭证所反映经济事项的真实性，缺乏有效的核实手段。所以一部分单位为逃避监督，在凭证上做文章，隐瞒收入、虚报冒领、建立小金库等违反财经法规的现象时有发生。
（三）监督过程存在问题。会计中心在履行会计核算等职能时还应负有监督职能，但由于其业务繁重及缺乏必要的监督手段等原因，会计监督往往达不到预期效果，在一定程度上弱化了会计监督职能。一是监督手段单一造成统管单位逃避监督。会计核算中心实施监督职能只能从审查原始凭证来入手，手段较为单一，统管单位一旦受经济利益的驱使，收入支出不报账，隐瞒收支搞“小金库”，在目前的监督体制下，核算中心就很难发现这种问题；二是人员不足造成监督不力。集中核算体制下，一个统管会计要负责十几个单位会计核算，大量的核算工作使其无暇全面履行监督职能，造成会计监督职能的缺失。三是存在部分会计核算中心人员为规避责任造成监督不力。会计集中核算制度下，财务方面出现问题，会计中心和单位都必须承担责任。所以在实际操作中，部分会计中心人员对统管单位一些不规范的收入和支出不予入账，让统管单位自行处理，规避会计中心责任，导致单位私设账外账，使监督效果适得其反。
二、审计监督应关注的重点
（一）实施内部控制制度测评应成为重要的审计手段。针对目前国家尚未出台专门的法律法规来约束会计集中核算，会计集中核算基本上是依赖自行制定的内部管理制度来进行规范，审计时应充分重视对内部管理制度的测评，不仅要索取单位的内部管理制度，而且要进行内部控制测试。
一是从内部管理制度的内容入手，测试其是否合法、适当。审计过程中，首先要从内部管理制度的内容入手，找出不合理的地方，将不合理、不适当的内容直接作为问题，而将内控制度虽未涉及，但实际操作中存在的问题作为完善内部控制制度的重要信息，在加强审计监督的同时，也能为完善被审计单位内部管理制度发挥一定作用。
二是测试内控制度是否执行到位。对内控制度中的执行情况进行抽查，找出内控制度中的薄弱环节，通过测试发现制度在实际执行中存在的漏洞，并将其作为线索进一步审查。
（二）及时调整审计重点。在会计集中核算制下，财务管理与会计核算、会计监督职能分开，分别由被审计单位和核算中心承担相关责任，根据体制变化产生的影响，要适时调整方向，把握审计重点。
一方面会计核算中心是一个独立的主体，许多核算中心在制定内部管理制度时，将重心向自身倾斜，主要侧重于本身的业务操作，内部会计人员的独立性得到了根本性的增强，并且一旦发生违规操作，其负有连带责任，所以由会计中心负责的会计核算等环节得到了有效的控制，操作比较规范，在审计过程中就可以把由核算中心负责的业务环节作为次要方面来审查。
另一方面许多会计中心对被审计单位方面的约束只是泛泛而谈、规定比较笼统，制度也是粗线条的。而由于核算中心的一名统管会计要负责许多单位的财务核算，工作量的庞大弱化了监督职能，使会计监督的力度大打折扣，所以被审计单位内部管理成为会计集中核算制度下薄弱点。审计时应抓住重点，把握好几个重点环节：
一是由被审计单位负主要责任的管理环节。主要是审查实物资产的管理，主要包括固定资产和备用金等方面的审查。首先由于会计核算职能的移出，固定资产的管理成为薄弱的环节，账实不符等管理混乱现象十分严重，因此要加强对实物资产的现场清查。其次在备用金管理方面，要加强现金盘点，对涉及现金的收支要作为检查的重点，通过审计监督来规范和完善备用金的管理。
二是核算中心与被审计单位相互衔接的环节。主要是报账环节，会计核算中心只能通过审核凭证来核实业务的真实性。这就要求在审计时，不仅要从财务账面审查入手，而且要在必要时通过外围调查来进一步确定其收入与支出的完整性与合法性。在收入方面，通过调查摸清单位收入的合理性，并与历年的收入进行对比分析，重点检查收入来源是否合规，是否全部入账，有无逃避会计核算中心长期滞留预算外收入、漏报、瞒报、少报收入，形成单位 “小金库”或搞账外账的现象。其次是检查支出的合规性。注意利用假发票、假项目等虚列支出，套取资金的情况，尤其要对金额大，报销内容不合理的支出项目予以重视。再次要注重跟踪审计。对审计中发现的异常开支和往来款项要进行跟踪，查明单位是否通过虚列支出，转移收入等手段套取现金或违规列支等。尤其要扩大审计范围，注意审查是否存在将收入及支出转移到下属单位等现象。
（三）提高服务意识，开展效益审计。审计时不仅要将重点放在查错纠弊，更要提高服务意识，开展以挖掘潜力、改善管理为主要目的的效益审计。一方面从会计中心入手，结合会计集中核算的发展趋势，帮助完善核算制度。当前，会计集中核算制度仍然处于不断发展的过程中，有许多省市已将其与国库集中支付制度结合起来，将预算单位财务核算监督与财政资金的拨付融合为一体，从财务管理和财政资金的使用方面共同监督。所以在审计时应把握前瞻性，以改革为出发点，查找目前会计集中核算制度下存在的管理漏洞和监督盲点，挖掘会计集中核算制度深层次的问题，为会计集中核算与财政集中支付的有效融合作铺垫；另一方面从被审计单位入手，通过对被审计对象在组织经济活动时，是否经济高效，是否达到预期目标，是否存在不经济、低效率等，进一步分析、对比，评价被审计对象的现状和潜力，提出具有建设性、针对性、可操作性的审计意见与建议，帮助被审计对象完善管理、提高运作效率、实现工作目标。
（四）完善审计承诺制，明确审计责任。首先要求会计中心和被审计单位共同承诺。会计核算中心与被审计单位是两个独立的机构，所以审计承诺书应有两方共同承诺，分清责任，最大程度避免审计风险。其次在审计过程中要分清会计核算中心和被审计单位的管理责任。会计集中核算制下核算中心和被审计单位各司其职，共同承担经济责任。会计核算中心主要负责会计核算、资金结算等方面的工作，并履行监督职能，对被审计单位的各项经济业务进行监督。被审计单位主要负责本单位的实际工作，所以对审计查出的问题要分清责任，尤其是在领导干部经济责任审计中，由于会计核算中心地位独立于被审计单位，所以当中心负责的环节出现问题时，不能把责任都归咎于被审计单位，应当写明问题的责任方，分清主要责任和连带责任，保证审计工作的严谨、规范。
总之，会计集中核算仍然在不断的发展完善中，审计部门应适应发展变化，准确把握法律法规和宏观政策，以提高审计质量为目标，坚持依法审计，充分发挥审计部门的应有作用。